Clisson va devenir la gare de desserte du Vignoble Nantais puisque tous les TER s'arrêteront à Clisson, le relais entre Clisson et Vertou étant pris par le tram-train. Ce dernier entrera en service à partir du 29 août 2010.
La Communauté de Communes est pilote du projet. La première décision importante de prise, a été de créer une passerelle entre la rue de la Marre Rouge et la gare. Elle permettra un accès aux quais à partir du sud de la gare et résoudra le problème de l'accès pour les personnes à mobilité réduite. Cette passerelle devrait être en service en 2013 Son coût est de 3.2 millions d'euros et bénéficiera de subventions limitées.
La question des parkings est importante pour les utilisateurs. En effet, l'aire de stationnement située sur l'ex-Champ de Foire va fermer en raison du démarrage des constructions sur ce site. Mais la fermeture ne se fera pas avant l'été. La ville de Clisson a anticipé cette fermeture et trouvé une solution transitoire de remplacement : un parking équivalent sera aménagé dans le prolongement du parking actuel au nord de la gare.
Après accord sur les financements, la suite du projet du PEM (bâti, voies...) sera ensuite mise à l'étude pour les dossiers de réalisation. Il sera pensé dans son environnement immédiat : stationnements, dynamisme commercial à renforcer dans le secteur, intégration urbaine.